2026年4月14日 研究日志

研究内容：导师会真是累人，不过顺利结束了。要改的内容明天再搞，今天先到这里了。今天终于下定决心把自己的代码git到Github上了，当然是private，所以大家看不到啦。之前一直是一台电脑的单打独斗，而且代码量也少，所以一直懒得学怎么用git管理。今天试了下，有Copilot辅助不算难，今天的技术博客就是这个了。

安装 Git 后的第一步：设置用户名与邮箱（必须做）

Git 在第一次 commit 时会问你：

Author identity unknown
Please tell me who you are.

这是因为 Git 需要在每次提交里记录提交者名字和提交者邮箱

否则无法生成 commit。

第一次使用 Git 时必须设置：

git config --global user.name "你的名字"
git config --global user.email "你的邮箱"

查看是否设置成功：

git config --global --list

第一次使用：把一个文件夹变成 Git 仓库

假设你有一个项目文件夹：

PhD_Project/
    CODE/
        analysis.R
        plot_tsne.py
        utils.R

进入该文件夹：

cd /path/to/PhD_Project/CODE

初始化 Git：

git init

查看状态：

git status

把所有文件加入 Git：

git add .

提交（保存一个版本）：

git commit -m "Initial commit: add analysis scripts"

到这里，你的本地仓库已经准备好了。

创建 GitHub 仓库并连接

在 GitHub 上创建一个空仓库（private 推荐）。

然后在终端执行：

git remote add origin https://github.com/你的用户名/仓库名.git
git branch -M main
git push -u origin main

现在你的代码已经成功上传到 GitHub(其实你新建的空仓库界面上也会显示这些)。

日常使用：push 和 pull（新手最重要）

这是科研人员最常用的两条命令。

push：把本地修改上传到 GitHub

每次你修改了脚本（R/Python/Notebook），流程如下：

git add .
git commit -m "描述你做了什么修改"
git push

例如：

git commit -m "Fix bug in scMetaInspector; update t-SNE plot"

push = 上传你的最新版本到 GitHub

pull：从 GitHub 下载最新版本到本地

如果你：

• 在另一台电脑修改过代码
• 在 GitHub 网页上改过文件
• 合作者提交了新版本

你需要先 pull：

git pull

pull = 下载 GitHub 上的最新版本到本地

push / pull 的注意事项

• 换设备前：push
• 换设备后：pull
• 每天结束前：push

使用 .gitignore 保持仓库干净

科研项目常见不需要上传的文件：

.Rhistory
.Rproj.user/
__pycache__/
*.log
*.tmp
*.csv
*.xlsx
*.rds
*.h5

创建 .gitignore：

touch .gitignore

加入上述内容，然后：

git add .gitignore
git commit -m "Add gitignore"
git push

分支（branch）：做实验性分析的最佳方式

不要在 main 上乱改。

创建分支：

git checkout -b try-new-tsne

完成后合并：

git checkout main
git merge try-new-tsne

删除分支（可选）：

git branch -d try-new-tsne

先和导师开小会再在组里开大会把我的精力都耗尽了，今天先休息了，明天继续